与口臭关系最密切的疾病是龋齿、牙周病和口腔癌。除了口腔疾病外，口腔附近器官的疾病，如扁桃体结石、鼻窦炎、鼻息肉等，也是导致口臭的常见原因。
许多全身性疾病患者呼出的气体中带有某些特殊的味道，如糖尿病病人的口气带水果味、肾功能衰竭病人的口气有鱼腥味、肝硬化病人的口腔内有硫磺味。
通常人们认为，胃肠道疾病是产生口臭的重要原因。实际上，食道在不进食的时候是处于封闭状态的，只有在打嗝时才有胃肠道的气体通过口腔排出。所以，口臭与胃肠道关系不大，除非是比较严重的胃病，如胃癌、胃溃疡等，加上食道封闭不良，才会伴有持续性的口臭。
此外，睡眠时唾液分泌减少，舌颊肌肉基本上处于休息状态，易导致口臭；容易激动、发怒或者忧郁的人，常发生口臭；妇女在月经期和孕期也比较容易发生口臭；饮食习惯对口臭的形成起重要作用，洋葱、蒜、动物脂肪等食物都会引起口臭；有些病人服用某种药物后也会产生口臭，如二甲基硫化物、奎宁和抗组织胺类药物等。
