由中国管理科学研究院《中国大学评价》课题组主持的《2009中国大学评价》已经完成。依惯例，由SCD源期刊、CSSCI源期刊《科学学与科学技术管理》杂志刊出。在此之前，中国统计出版社出版的2009中国大学评价的普及版本《挑大学 选专业--2009高考志愿填报指南》已在全国出版发行。该书由《中国大学评价》课题组组长武书连主编。
在《2009中国大学评价》中，清华大学以280.15分再列榜首，北京大学、浙江大学分别以224.66分、219.14分获得第2、第3名。
至此，在《中国大学评价》中，清华大学已经连续13年位居榜首。清华大学、北京大学、浙江大学已经连续10年保持中国大学前三名。2009中国大学评价显示，浙江大学在科学研究领域以122.01分首次领先北京大学（120.74分）。
进入2009中国大学排行榜第4名至第10名的大学依次是：第4名上海交通大学，第5名南京大学，第6名复旦大学，第7名中国科学技术大学，第8名中山大学，第9名华中科技大学，第10名武汉大学。与上一年度的前10名相比，前7名顺序不变，中山大学重返前10名，位列第8。华中科技大学、武汉大学因中山大学上升到第8名而分别下降到第9名和第10名。西安交通大学没有保持住前10名。
《中国大学评价》课题组同时评出了2009年15所中国一流大学。与上一年度的16所中国一流大学名单相比较，中国农业大学因课题组提高了中国一流大学的标准而落选，没有新的大学进入中国一流大学。
《中国大学评价》课题组还选出了2009年37所中国研究型大学。南京农业大学首次进入研究型大学。这是继上年南京航空航天大学进入研究型大学后，江苏省又一所科研强校进入研究型大学。至此，江苏省的研究型大学数量已经达到4所，仅次于北京市的7所和上海市的5所。
与上年的中国大学前100名相比，首都师范大学首次进入前100名，位列第95名。太原理工大学重返前100名，列第99名。
《中国大学评价》课题组同时完成了理学、工学、农学、医学、哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、管理学等11个学科门类的排名。学科门类排名显示，在11个学科门类中，北京大学共获得6个第1名，即：理学、医学、哲学、经济学、文学、历史学第1名。清华大学获得工学、管理学第1名，中国人民大学获得法学第1名，北京师范大学获得教育学第1名，中国农业大学获得农学第1名。
课题组也对中国大学250多个本科专业进行了排名，北京大学、清华大学的本科专业第一名数量仍然大幅领先其他大学。
